Anscheinend verursacht die Firmware von 3ware aus dem Codeset 9.5.3 beim Modell 9650 massive Probleme.
Dies äußert sich dadurch, dass der Controller beim Bootvorgang nicht (immer) erkannt wird bzw. dass das System (egal ob Windows oder Linux) nach einiger Zeit einfriert. Bei Windowsinstallationen kann dies auch zu einem Bluescreen führen.
Lösung:
Ich empfehle einen Downgrade der Firmware sowie des Treibers aus dem Codeset 9.5.2.
EDIT: Das Problem scheint mittlerweile behoben zu sein. Generell empfiehlt sich, die Firmware nicht zu aktualisieren, solange es keine Probleme gibt!