Standardmäßig wird im Homeverzeichnis des Benutzers unter Linux eine .mysql_history file angelegt, welche ähnlich arbeitet wie die .bash_history.
Alle Kommandos die ihr bei MySql in der Konsole eingebt, werden dort gespeichert (auch Query bei denen ihr z.B. neue Passwörter anlegt).
Um dieses Verhalten zu deaktivieren, könnt ihr die Datei löschen und einen Link zu /dev/null setzen, damit künftig die Ausgabe sofort an /dev/null umgeleitet wird:
rm ~/.mysql_history ln -s /dev/null ~/.mysql_history